אחד התחומים אשר נפגע קשות מימי הלחימה בלבנון הוא ענף החקלאות. כשבוע לאחר ששביתת הנשק נכנסה לתוקפה, פרסם משרד החקלאות נתונים ראשוניים על נזקי החקלאות אשר נגרמו בעקבות המלחמה.
הפגיעה הקשה ביותר בענף החקלאות נרשמה בענף המטעים הנשירים שמועד קטיפת הפירות בהם חל בדיוק בתחילת המלחמה והחקלאים לא יכלו לצאת ולקטוף את הפירות. בין הפירות שנפגעו: אפרסק, נקטרינה, תפוח, אגס ושזיפים. בצפון הארץ כ100,000 דונמים של מטעים נשירים, רוב הפירות במטעים הללו לא נקטפו.
בנוסף, בגלל הלחימה לא יכלו חקלאים לצאת ולרסס מטעים אשר מועד הבשלת הפירות שבהם התקרב , דבר שעלול לגרום נזק לפירות. מטעים נוספים אשר נפגעו הם מטעים סובטרופיים כמו: אבוקדו, מנגו , ליצ'י ובננות. באזור הצפון כ50,000 דונמים של פירות סובטרופיים. גם כרמי הענבים ליין ולמאכל (כ11,000 דונמים) ספגו פגיעה קשה וכן לולי ההטלה. בישובי הצפון מיוצרות בשנה 1.2 מיליארד ביצים ש800,000 מתוכן מיוצרות בישובי קו העימות. ענף המדגה, הבקר והגד"ש (גידולי שדה) נפגעו אף הם בלחימה. הפגיעה כוללת פגיעה בגידולי ירקות, ברפתות בצאן ובקר בגלל טיפולים שלא בוצעו ועוד.
פגיעה רבה במטעים ובגידולי שדה נגרמה גם בשל נוכחות כוחות צה"ל בשדות ובמטעים כשטחי הערכות לקראת כניסת הכוחות ללחימה בשטח לבנון. השהייה בשטחים החקלאיים והתנועה בהם עם כלי רכב כבדים, גרמה אף היא לנזק ניכר.
נזקים נוספים לחקלאות נגרמו בגלל שרפות אשר כילו מטעים ושטחי מרעה. נפילת הקטיושות ופצצות המרגמה בשטחי צפון הארץ כילו כ40,000 דונם שטחי מרעה. הפגיעה בשטחי המרעה מהווה פגיעה מערכתית בכל שרשרת המזון.
לכל הנזקים אשר צוינו לעיל יש להוסיף גם את בריחתם של עובדים זרים רבים, אשר נטשו את מקומות עבודתם ולא שבו אליהם גם לאחר תום ימי הלחימה בלבנון.
המצגת הבאה מציגה את נזקי המלחמה במיליוני שקלים כפי שנאמדו ע"י משרד החקלאות:

פעולות הסיוע לחקלאות:
משרד החקלאות העריך כי הפגיעה הישירה בחקלאות נאמדת בכ15,000,000 ₪ והנזקים העקיפים אשר נגרמו לחקלאות יסתכמו בכ300,000,000 ₪. הנזקים העקיפים כוללים את הנזקים שנגרמו בגלל האיסור הצבאי לצאת לשדות ולמטעים, ריסוסים שלא בוצעו במועדם, היעדר פועלים, נזקים לבעלי חיים (עדרי בקר התפזרו בגלל פריצת גדרות, תרנגולות פסקו להטיל בגלל הרעש) ועוד.
משרד החקלאות יצר תחשיב על פיו יוכלו החקלאים לדרוש מהמדינה פיצוי עבור הנזק אשר נגרם להם בעקבות המלחמה.