שרידי חומה מהתקופה החשמונאית נתגלו בהר הבית בכותל מזרח, ברובע היהודי, באזור המצודה, מתחת לחומה המערבית של ימינו ובאזור הר ציון. קטעי חומה אלה משולבים בחלקם בשרידי חומה מימי בית ראשון.